永源寺是临济宗、黄檗宗各派的 15 座本山之一，它是永源寺派的大本山，在全国拥有 127 个末寺（分寺院），是钻研坐禅和祈祷天下太平的古道场。
南北朝时代的康安元年（1361）近江守护 佐佐木六角氏赖公皈依广受敬仰的高僧寂室元光禅师门下，并开始在领土内的胜景雷溪修建并捐赠伽蓝（寺院）。氏赖公是在高野山进行过僧侣修行的虔诚之人，其法名为“雪江宗永”，且身为佐佐木源氏的嫡系，因此将该寺院命名为“永源寺”。
另外，“瑞石山”原名饭高山，据说修建寺院时，出现了仅凭人力便能够搬动巨大的基石，本尊 观世音菩萨在大岩石上现身等各种与石头有关的奇瑞之兆，因此山号被改为“瑞石山”。
据说禅师入寺开山后，仰慕其高德的二千余名僧俗慕名而来，山中曾有五十六座末庵。